Moritz Bunkus heeft kort na het verschijnen van MKVToolNix versie 39 alweer een opvolger uitgebracht. Met dit opensourceprogramma kunnen matroska-bestanden bekeken, bewerkt en worden geconverteerd. Zo kunnen geluidssporen en ondertiteling worden toegevoegd, verwijderd of juist als standaard worden ingesteld. MKVToolNix is een verzameling afzonderlijke commandline-tools, maar er wordt ook een grafische gebruikersinterface meegeleverd. Downloads zijn beschikbaar voor Windows, diverse Linux-distributies en macOS. De changelog voor deze uitgave ziet er als volgt uit: MKVToolNix v40.0.0 released
